L'isola di Santo Stefano ebbe origine dall'attività vulcanica nello stesso periodo di Ventotene. Oltre la presenza del vento e della vegetazione mediterranea, si avverte nell'aria un'atmosfera in forte contrasto tra il senso di solitudine e di libertà del paesaggio con il peso insostenibile del grande penitenziario voluto da Ferdinando IV, re di Napoli per ospitare ergastolani. Il progetto fu affidato all'architetto Francesco Carpi che, ironia della sorte, fu anch'egli qui costretto dal Re a causa di divergenze sul piano politico. Il penitenziario venne completato nel 1795 e fu attivo ininterrottamente fino a alla seconda meta' del secolo scorso. Qui vennero detenuti nomi noti nella storia, tra cui Luigi Settembrini, l'anarchico Bresci, uccisore del re Umberto I, e Sandro Pertini con altri antifascisti. Santo Stefano dista da Ventotene circa un miglio. La profondità del canale va da 7 a 20 metri. Il clima tipicamente mediterraneo, la scarsa piovosita' e la morfologia del luogo favoriscono la crescita di piante grasse con vegetazione rada.

Tipiche piante del luogo sono il fico d'india,l'agave,il ginestro,il lentisco ed il mirto. Parte dell’isola di Santo Stefano e’ area protetta L'area protetta comprende tre zone a tutela differenziata. La riserva integrale, più interna e lontana, dove l'accesso è limitato a scopi scientifici e ricerche. I sub possono devono essere autorizzato ed accompagnati. La riserva generale: anche in questa zona è necessario un permesso e la visita prevede itinerari specifici. La Riserva parziale, è tutta la zona al di fuori dei vincoli dove è possibile muoversi liberamente e senza autorizzazioni.